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有價證券上市公司違反本辦法或於申報期限截止後自行發現申報之資訊有錯誤申請更正者，本公司得課新台幣一萬元之違約金，但其錯漏如係由主管機關、本公司或投資人發現經查屬實者，得依個案處以新台幣參萬元之違約金，惟其於最近一年內累計課處次數達二次以上(含本次)者，該次即處以伍萬元之違約金，並均函知其應於文到後二營業日內補正或更正；未按期限補正者，每逾一營業日課新台幣一萬元之違約金，至補正日為止；情節重大者，本公司得依營業細則第四十九條或第五十條規定處置。
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以封閉式基金或指數股票型基金之受益憑證、基金股份或投資單位上市之證券投資信託事業或境外基金機構之總代理人違反本辦法或於申報期限截止後自行發現申報之資訊有錯誤申請更正者，本公司得處證券投資信託事業或境外基金機構新台幣一萬元之違約金，但其錯漏如係由主管機關、本公司或投資人發現經查屬實者，處以伍萬元之違約金，並均函知其應於文到後二營業日內補正或更正；未按期限補正者，每逾一營業日處新台幣一萬元之違約金，至補正日為止。
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上市公司重大訊息輸入之違約處理，另依本公司「對上市公司重大訊息之查證暨公開處理程序」第九條規定辦理；以封閉式基金或指數股票型基金之受益憑證上市之證券投資信託事業重大訊息輸入之違約處理，另依本公司「對上市證券投資信託基金之證券投資信託公司重大訊息之查證暨公開處理程序」第七條規定辦理。
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本公司應於每月十日以前，就上月份上市公司違反本作業辦法規定者，被處以違約金之情形，於證券集中交易市場公告之，並副知主管機關。