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上櫃公司與上櫃公司或上市公司合併，合併後之存續公司仍為上櫃公司，消滅之公司應公告其股票終止櫃檯買賣或終止上市；存續公司因合併而增發與已上櫃股票同種類之新股或新股權利證書時，得自合併基準日起開始櫃檯買賣，但合併消滅之上櫃公司之有價證券應於合併基準日(不含)前八個營業日起停止買賣，其並應於同基準日(不含)前至少三十個營業日，填妥申請書並檢具相關文件，向本中心提出申請。
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上櫃公司合併未上﹙市﹚櫃公司，以增發(含募集發行或私募)股份或得轉換或得認購股份之有價證券為對價者，除證券、金融或保險事業經其目的事業主管機關專案核准者外，應符合下列各款條件，合併後之存續公司仍為上櫃公司，因其合併而增發(含募集發行或私募)之普通股或海外存託憑證，並應依第四項規定辦理：
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一、被合併之未上﹙市﹚櫃公司本身之財務資料，且就合併與被合併公司之財務資料綜合核計，符合本中心審查準則規定之獲利能力條件者。但合併後存續公司最近一會計年度及最近期擬制性財務報告之每股淨值均高於原上櫃公司之每股淨值者，不在此限。符合上述但書規定者，如上櫃公司或被合併之未上(市)櫃公司自最近期財務報告資產負債表之次日起迄向本中心申請日止，有增減資或配發股利等影響每股淨值之重大資本變動情事，則合併後存續公司之每股淨值並應高於原上櫃公司之每股淨值，且由簽證會計師出具覆核其設算調整後之意見書。
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二、被合併之未上﹙市﹚櫃公司未有本中心審查準則第十條第一項第一、
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三、被合併之未上(市)櫃公司最近一會計年度之財務報告應經主管機關核准辦理公開發行公司財務簽證之會計師查核簽證，並簽發無保留意見之查核報告者。
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三、四、七及十款規定情事之一者，或第六款中之經查證或其簽證會計師出具意見表示有未依相關法令及一般公認會計原則編製財務報告者。
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四、被合併之未上櫃公司為符合企業併購法第二十一條規定條件之外國公司者，應取得經濟部投資審議委員會核准對外投資之證明文件，且其財務報告應取得簽證會計師簽發無保留意見之查核報告，暨由中華民國會計師就中華民國與外國公司所屬國適用會計原則之差異及其對財務報告之影響表示意見，不適用前款規定。並應經主管機關核准辦理公開發行公司財務簽證之非原簽證會計師就上櫃公司合併外國公司時，其換股比例、價格等之合理性，暨合併之整體綜效表現，予以分析說明並提出書面報告供參。但外國公司符合本中心「外國有價證券櫃檯買賣審查準則」第二十四條第一項第二、四款之規定者，不適用本項第一、二款及第四項之規定。
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前二項規定之合併增資新股，如係與已上櫃股票不同種類者，則應符合本中心審查準則第十五條第六項規定條件。
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依第二項規定合併，且當次合併增發(含募集發行或私募)之普通股或海外存託憑證占上櫃公司已發行及預計發行股份總數百分之十以上者，其被合併公司之董事、監察人及持股超過已發行股份總額百分之十之股東，持有該次合併而增發(含募集發行或私募)之普通股或海外存託憑證者，應依下列各款規定辦理，但上櫃公司依公司法第三百一十六條之二之規定，合併其持有已發行股份百分之九十以上之從屬公司者，得不適用之：
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一、應將其持有之合併而募集發行普通股全數提交保管，且總計不得低於合併而募集發行普通股股數百分之三十，如有不足者，應協調其他持有合併而募集發行普通股之股東補足；其領回方式準用本中心證券商營業處所買賣有價證券審查準則第三條第一項第四款有關規定中關於提交保管之股票屆期領回之相關規定辦理。但上櫃公司合併其持股百分之五十以上之從屬公司者，得不適用總計不得低於合併增資發行新股股數百分之三十限制。
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二、應出具其持有之合併而增發(含募集發行或私募)海外存託憑證，於一定期間內不得兌回或轉讓之書面承諾，並於與保管機構簽定之契約中納入限制兌回或轉讓之規範，承諾於一定期間內不得兌回或轉讓之股數總計不得低於合併而增發(含募集發行或私募)海外存託憑證數百分之三十，如有不足者，應協調其他持有合併而增發(含募集發行或私募)海外存託憑證之股東補足，限制兌回或轉讓之期間及解除限制之規定比照前款合併而募集發行普通股提交保管之規定辦理。
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三、應出具其持有之合併而私募普通股，於一定期間內不得轉讓之書面承諾，承諾於一定期間內不得轉讓之部位總計不得低於合併而私募普通股數百分之三十，如有不足者，應協調其他持有合併而私募普通股之股東補足，限制轉讓之期間及解除限制之規定比照第一款合併而募集發行普通股提交保管之規定辦理。且本款之書面承諾，除載明「於一定期間內不得轉讓」外，至少尚應載明下列文字：「於本人持有之普通股仍係合併而私募普通股時，櫃檯中心得隨時抽查本人是否確實遵守承諾；於本人持有之普通股仍係合併而私募普通股，但本款所規定之限制轉讓之期間已屆滿者，本人之轉讓仍應遵守證券交易法第四十三條之八之規定」。
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上櫃公司與他未上櫃公司進行吸收合併而消滅，或與他公司進行新設合併而消滅者，該上櫃公司應於合併基準日前三十個營業日之前檢具相關書件向本中心申請，經本中心報請主管機關核准後，其有價證券自停止過戶日(不含)前二個營業日起停止買賣，並自合併基準日終止櫃檯買賣。
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上櫃公司依企業併購法、公司法或其他法律規定，收購未上(市)櫃公司之股份、營業或資產，並以股份或得轉換或得認購股份之有價證券作為對價，若該交易達到下列標準者，該未上(市)櫃公司亦應符合第二項各款條件：
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一、未上(市)櫃公司因被收購所取得股份或得轉換或得認購股份之有價證券之入帳金額，占其淨資產帳面價值百分之七十以上，或上櫃公司為收購所支付股份或得轉換或得認購股份之有價證券占其已發行及預計發行股份總數百分之十以上者。
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二、未上市(櫃)公司其股東被收購之股份總數占其已發行股份總數百分之七十以上者。
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三、未上(市)櫃公司分割予上櫃公司之部門之營業收入或營業利益或淨資產帳面價值占其全部營業收入或營業利益或淨資產帳面價值百分之七十以上，或占上櫃公司擬制性財務報表全部營業收入或營業利益或淨資產帳面價值百分之十以上者。
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前項未上(市)櫃公司及其董事、監察人、持股超過已發行股份總額百分之十以上之股東，其持有上櫃公司因該項而增發(含募集發行或私募)之普通股或海外存託憑證者，其提交保管及屆期領回亦應依第四項之規定辦理。
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上櫃公司申辦第一、二或六項之案件時，應填妥申請書並檢附相關附件，向本中心申請出具該案符合本條規定條件之意見書。經本中心審查核可後，函復該公司同意合併或收購之意見書，並載明「本同意函僅供申請公司向主管機關申報合併(收購)增資發行新股案之用；倘該等案件未能申報生效，本同意函失其效力」。
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依第六項之被收購或讓與營業之未上市(櫃)公司如係外國公司者，準用第二項第四款之規定。