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本中心對上櫃公司內部稽核人員執行稽核計畫情形之查核，每季選案比率必要時得彈性調整，惟全年應選定之受查公司家數不得低於百分之八，必要時即應進行實地查核並採遵循測試，實地查核家數應不低於受查公司家數之四分之一，且有本程序第四條第一至八款之情事者即須執行實地查核。
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本中心應於每季結束後一個月內，將該季查核報告或追蹤報告結果彙總陳報主管機關備查。
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第一上櫃公司每季隨機選定比率至少百分之二十五為原則，但依第六項所選定受查公司，不納入本項受查公司及選案比率之計算基礎。
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本中心對第一上櫃公司執行查核，得以受查公司依第一上櫃公司管理作業要點第八條規定出具之前一年度會計師內部控制制度審查報告替代之，另本中心對第一上櫃公司執行查核之選案會計年度如為初次上櫃會計年度者，其內部控制制度審查報告之涵蓋期間得依本中心「審閱會計師所出具之內部控制制度審查報告作業程序」規定辦理。
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上櫃公司發生重大突發事故、主管機關或本中心基於其他原因認為有必要者，本中心得對上櫃公司內部控制制度設計及執行之有效性進行查核。
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本中心對下列第一上櫃公司內部稽核人員執行稽核計畫情形之查核，不納入第三項受查公司及選案比率之計算基礎：
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一、第一上櫃公司於上櫃次一年度起之第二及第三個會計年度每年應於上半年及下半年受查一次。但第一上櫃公司屬陸港澳主要營運或控制者，於上櫃次一年度起之第三個會計年度應於上半年及下半年受查一次。
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二、第一上櫃公司上櫃時適用本中心「外國有價證券櫃檯買賣審查準則」(以下簡稱「外國審查準則」)第十四條第一項第一款有關獨立董事應至少二席在中華民國設有戶籍之規定者，於上櫃之次一年度起之第二及第三個會計年度，每年應於上半年及下半年受查一次。但其於受查期間有經營權異動、本中心實質審閱財務報告或對內部稽核人員執行稽核計畫情形之查核發現有重大異常情事，或本中心評估相關風險後認為有必要者，得延長之。
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三、第一上櫃公司上櫃後申請適用本中心外國審查準則第十四條第一項第一款有關獨立董事應至少二席在中華民國設有戶籍之規定者，於本中心同意適用之次一年度起之第一至第三個會計年度每年應於上半年及下半年受查一次。但其於受查期間有經營權異動、本中心實質審閱財務報告或對內部稽核人員執行稽核計畫情形之查核發現有重大異常情事，或本中心評估相關風險後認為有必要者，得延長之。
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四、前二款公司於期間屆滿後，有經營權異動之情事，於次一年度起之第一至第三個會計年度每年應於上半年及下半年受查一次，並準用前二款規定。
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五、第一款及第二款之上櫃年度或第三款之本中心同意適用年度，於第一上市公司或創新板第一上市公司轉第一上櫃公司者，以原上市年度或臺灣證券交易所股份有限公司同意適用年度計算之。
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本作業程序所稱「陸港澳主要營運或控制」之定義，適用本中心外國審查準則第四條之二規定。