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證券商向委託人收取融券費者，因發生證券差額向證券金融事業轉融通所生之費用，由證券商負擔。
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證券商向委託人收取融券手續費者，因證券金融事業辦理標借、議借、標購應負擔之各項費用，由委託人負擔，證券商並應按證券差額發生日收取融券手續費之該種有價證券融券餘額，依下列原則計算融券人每股所應分擔之費用後，分別向各該融券人按其融券數量計收：
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一、若融資餘額大於或等於收取融券手續費之融券餘額，借入券及自有券餘額小於辦理有價證券借貸業務出借、出借予辦理有價證券借貸業務之證券商或證券金融事業、於證券交易所借券系統出借之出借餘額(以下簡稱出借餘額)加計收取融券費之融券餘額時，融券人毋庸負擔費用。
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二、若融資餘額小於收取融券手續費之融券餘額，借入券及自有券餘額大於或等於出借餘額加計收取融券費之融券餘額時，融券人應負擔全數費用。
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三、若融資餘額小於收取融券手續費之融券餘額，借入券及自有券餘額小於出借餘額加計收取融券費之融券餘額時，融券人應負擔費用之比例依下列公式計算：
(收取融券手續費之融券餘額－融資餘額)／【(收取融券手續費之融券餘額－融資餘額)＋(出借餘額＋收取融券費之融券餘額)–(借入券＋自有券餘額)】
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證券商對於前項應收費用，得自委託人信用帳戶內之融券擔保品款項中扣抵。
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證券商於有價證券停止買賣或暫停交易期間，該有價證券發生差額，得向證券金融公司轉融券，而證券金融公司券源不足時，得適用臺灣證券交易所股份有限公司辦理上市證券標購辦法第三章規定或財團法人中華民國證券櫃檯買賣中心辦理上櫃證券標購辦法第三章規定辦理標購。
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證券商對於因證券金融事業辦理標購應分攤之標購所得有價證券，應以一交易單位為準，依第二項原則按比率分配予證券差額發生日仍有該證券之收取融券手續費之融券餘額者買進償還，分配後如有餘券，再按各融券人應分配數量之小數部分依其大小順序分配，小數部分相同者，以抽籤方式分配。
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辦理二次以上標購時，應分配予融券人之標購金額，按加權平均法計算。