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上市上櫃公司應依公開發行公司建立內部控制制度處理準則之規定，考量本公司及其子公司整體之營運活動，設計並確實執行其內部控制制度，且應隨時檢討，以因應公司內外在環境之變遷，俾確保該制度之設計及執行持續有效。
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已選任獨立董事之公司，除經主管機關核准者外，內部控制制度之訂定或修正應提董事會決議通過；獨立董事如有反對意見或保留意見，應於董事會議事錄載明；但已依證券交易法設置審計委員會者，應經審計委員會全體成員二分之一以上同意，並提董事會決議。
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上市上櫃公司除應確實辦理內部控制制度之自行評估作業外，董事會及管理階層應至少每年檢討各部門自行評估結果及按季檢核稽核單位之稽核報告，審計委員會或監察人並應關注及監督之。上市上櫃公司宜建立獨立董事、審計委員會或監察人與內部稽核主管間之溝通管道與機制。董事及監察人就內部控制制度缺失檢討應定期與內部稽核人員座談，並應作成紀錄，追蹤及落實改善，並提董事會報告。已依證券交易法設置審計委員會者，內部控制制度有效性之考核應經審計委員會全體成員二分之一以上同意，並提董事會決議。
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上市上櫃公司管理階層應重視內部稽核單位與人員，賦予充分權限，促其確實檢查、評估內部控制制度之缺失及衡量營運之效率，以確保該制度得以持續有效實施，並協助董事會及管理階層確實履行其責任，進而落實公司治理制度。
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為落實內部控制制度，強化內部稽核人員代理人專業能力，以提昇及維持稽核品質及執行效果，上市上櫃公司應設置內部稽核人員之職務代理人。
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公開發行公司建立內部控制制度處理準則第十一條第六項有關內部稽核人員應具備條件、第十六條、第十七條及第十八條之規定，於前項職務代理人準用之。