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金融機構經主管機關許可合併者，其存續機構或新設機構於申請對消滅機構所有不動產、應登記之動產及各項擔保物權之變更登記時，得憑主管機關證明逕行辦理登記，免繳納登記規費，並依下列各款規定辦理：
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一、因合併而發生之印花稅及契稅，一律免徵。
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二、原供消滅機構直接使用之土地隨同移轉時，經依土地稅法審核確定其現值後，即予辦理土地所有權移轉登記，其應繳納之土地增值稅准予記存，由該存續機構或新設機構於該項土地再移轉時一併繳納之；其破產或解散時，經記存之土地增值稅，應優先受償。
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三、消滅機構依銀行法第七十六條規定承受之土地，因合併而隨同移轉予存續機構或新設機構時，免徵土地增值稅。
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四、因合併產生之商譽得於五年內攤銷之。
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五、因合併產生之費用得於十年內攤銷。
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六、因合併出售不良債權所受之損失，得於十五年內認列損失。
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前項合併之金融機構，虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第七十七條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續機構或新設機構於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該辦理合併之金融機構於合併前，經該管稽徵機關核定之前五年內各期虧損，按各該辦理合併之金融機構股東(社員)因合併而持有合併後存續機構或新設機構股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起五年內，從當年度純益額中扣除。