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形式審閱財務報告時對於有未依規定檢送財務報告、申報書件不全及會計師出具非無保留意見之查核報告或非無保留結論之核閱報告，且影響財務報告允當表達而需重編者或內部控制制度有重大缺失者，或於形式審閱財務預測時對有檢送內容不完整、公告內容不完整、公告申報日與編製日超過規定期限及會計師出具修正式結論之確信報告者，應將具體處理方式或處理建議，彙總陳報主管機關。
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完成財務報告審閱後，應明確表示審閱結論及具體處理之意見，若發現有缺失或遺漏等情事，應函請上櫃公司確實改善，若屬重大缺失或遺漏等異常案件，須依證券交易法等有關規定處理或須洽請相關單位協同辦理者，應逐案檢附審閱報告，並擬具處理意見陳報主管機關或建請主管機關移送相關目的事業主管機關查處。
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對前項發現有重大缺失之公司，本中心得請其派員參加主管機關所指定單位舉辦之宣導課程，並副知前開主管機關指定單位，公司未派員參加者，本中心得視缺失性質將其列為嗣後財務報告實質審閱、平時例外管理或內部控制制度查核之優先受查對象。
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審閱財務報告若有共同缺失，須定期通函上櫃公司參考改進，並副陳主管機關。