外國發行人申請其所發行以新台幣計價之外國債券為櫃檯買賣，依發行債券之不同，其申請程序分別如下：
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一、非為專業板新台幣計價外國債券：外國發行人依序應取得中央銀行同意函及本中心出具得為證券商營業處所買賣之同意函，並於本中心同意函發文日起一個月內，依外國發行人募集與發行有價證券處理準則申報募集與發行，經申報生效後依第三十六條申請櫃檯買賣。但外國發行人發行之債券為新台幣計價之外國普通債券者，免取得本中心前揭同意函。
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二、專業板新台幣計價外國債券：
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(一)外國發行人為第一上櫃（市）公司或興櫃公司者：應先取得中央銀行同意函，並依外國發行人募集與發行有價證券處理準則申報募集與發行，經申報生效後依第三十六條申請櫃檯買賣。
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(二)外國發行人發行之債券為經主管機關核定免依證券交易法第二十二條第一項辦理申報生效者：外國發行人應先取得本中心出具之預審意見，並於該預審意見發文日起一個月內，由該債券發行人或其直接或間接持有百分之百已發行股份之子公司，依外國人投資條例向經濟部、其授權之所屬機關或其委託之其他機關、機構申請核准，待取得核准函，再向本中心申請出具得為證券商營業處所買賣之同意函。經取得本中心同意函後，檢附相關書件報備中央銀行外匯局及副知本中心，並於該同意函發文日起一個月內，依第三十六條申請櫃檯買賣。